Kabak çekirdeği, lif açısından zengin bir besindir ve bu özelliğiyle sindirim sistemine fayda sağlar. Ancak aşırı tüketim durumunda bağırsaklarda şişkinlik, gaz ve rahatsızlık gibi sorunlara yol açabilir. Özellikle hassas bir sindirim sistemine sahip bireylerin ölçülü tüketmesi önerilir.
Kabak çekirdeğinde bulunan sağlıklı yağlar vücut için faydalıdır. Ancak bu yağların fazlası, günlük alınması gereken toplam yağ miktarını aşmanıza sebep olabilir. Bu durum, uzun vadede kolesterol seviyelerini ve genel metabolizmayı olumsuz etkileyebilir.
Kabak çekirdeği, magnezyum, çinko ve fosfor gibi mineraller açısından zengindir. Ancak bu minerallerin aşırı miktarda alınması, vücudun mineral dengesini bozabilir ve böbrekler üzerinde yük oluşturabilir. Özellikle böbrek hastalığı olan bireylerin kabak çekirdeği tüketimini sınırlaması gerekir.